Szesnastoletni Baltazar z Budziszyna, wybrany przez archanioła Gabriela, wyrusza w podróż do Jerozolimy. Zostaje przyjęty do seminarium teologicznego, ale jego zdolność kontaktowania się z zaświatami nie zjednuje mu przyjaciół. „Niezwykła podróż Baltazara Kobera” to przypowieść filmowa o metafizycznej podróży młodzieńca poszukującego mądrości i wiedzy o życiu, pomysłem i konstrukcją nawiązująca do „Rękopisu znalezionego w Saragossie”.